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悉尼大学与AWS合作建立考拉基因组文库
《悉尼大学学报》(UYD)与亚马逊网络服务合作,通过建立基于云的考拉基因组文库,对450考拉的基因组数据进行民主化。

< P > UYYD已初步获得96种考拉基因组序列。这将是今年上市的450个考拉基因组中的第一批

USyd研究数据民主化的目的是使其研究人员能够与科学家和自然资源保护主义者合作,更快地分享研究见解、发现和应用解决方案——这是以前无法做到的,因为处理和分析基因组数据往往需要数年时间

“保护考拉种群的最佳方法通常是停止砍伐它们的树木,”USyd澳大拉西亚野生动物基因组学小组研究经理Carolyn Hogg博士说

“但是,尽管我们中的许多人都想说,‘让我们停止那样做吧’,我们必须实事求是。我们不能停止开发。我们必须找到解决这些问题的多种创造性解决方案,而不是拘泥于我们在‘90年代’开发的工具。”

她补充说,这些数据可以帮助研究人员比较和了解考拉物种的多样性

“昆士兰州的考拉体型较小,颜色较浅,而维多利亚州的考拉体型较大,呈灰色,且蓬松,”霍格说

“变异水平让许多科学家相信可能有两种不同的考拉物种,直到考拉参考基因组测序并证明这是错误的。

“生成这个新的、更广泛的基因组数据集让我们开始问这样的问题:,“生活在西部的考拉有没有我们在东海岸看不到的基因变异,那里更冷、更湿——那么这些基因对应对气候变化是否具有潜在的重要意义?”“

大学与AWS之间的工作是AWS开放数据赞助计划的一部分。根据该计划,AWS将承担科学界高价值数据集的存储成本,并使其可在云中访问和分析。

该项目得到联邦政府和新南威尔士州政府的支持,建立在USyd于2018年开展的考拉基因组测序工作的基础上

然而,利用AWS云进行基因组测序对于USyd来说并不新鲜。去年,霍格还领导了防止塔斯马尼亚魔鬼灭绝的基因组研究

这两个项目都属于USyd的濒危物种倡议,由霍格领导。该项目于2020年5月启动,为62个物种提供了资源,这些资源最终将在AWS开放数据赞助计划中提供。

“我开始与AWS合作,因为我有太多数据,无法使用我们现有的内部it系统有效地处理数据,”Hogg说。“使用AWS,我们能够将数据分析从10天减少到5小时。当我意识到在云中工作的力量时,它鼓励我超越生物学领域,开始寻找在其他专业领域工作的人。”

目前,南澳大利亚州和昆士兰正在开展其他无尾熊保护工作,这两个州都在使用无人机帮助更准确地估计各州幸存无尾熊的数量。

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2023-03-22 10:04:44

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